Zakon Braci Mniejszych na wszystkich etapach swojej historii odpowiadał na zachęty Kościoła do pogłębionego studium Pisma Świętego. Już wśród najwybitniejszych przedstawicieli biblistów Średniowiecza pojawili się franciszkanie w osobach św. Antoniego, św. Bonawentury, bł. Jana Dunsa Szkota, Aleksandra z Hales, Jana z La Rochelle czy Wilhelma z Midelton.

Także w następnych wiekach franciszkanie byli nie tylko gorliwymi głosicielami Słowa Bożego, ale niejednokrotnie gruntownie przygotowanymi specjalistami z zakresu interpretacji tekstów biblijnych. Ta tradycja podtrzymywana jest do dziś. Znaczącymi osiągnięciami franciszkańskich uczonych w XX wieku było przetłumaczenie przez Sługę Bożego o. Gabriela Allegrę całej Biblii na język chiński, wydanie Biblii na język japoński pod redakcją o. Bernardyna Schneidera, koordynowanie prac przy tłumaczeniu Nowej Biblii Amerykańskiej, wydanej pod redakcją o. Stefana Hartdegena, czy publikacja Biblii Franciszkańskiej we Włoszech pod kierunkiem o. Bonawentury Martiniego.

Najważniejszym ośrodkiem w Zakonie, podejmującym systematyczne Studium Biblii, pozostaje Franciszkańskie Studium Biblijne w Jerozolimie. Zostało ono powołane do istnienia przez Kustosza Ziemi Świętej – o. Ferdynanda Diotalleviego jako odpowiedź na wezwanie papieża Leona XIII zawarte w encyklice Providentisssimus Deus z 1893 roku.

Zanim jednak nastąpiło otwarcie Studium Biblicum Franciscanum 7 stycznia 1924 roku przy sanktuarium Flagellazione, już w 1901 r. z inicjatywy o. Ferdynanda Giannini powołano franciszkańską szkołę biblijną przy kościele San Salvatore w Jerozolimie, której kontynuacją jest obecne seminarium. Rok później, tj. w 1902 r. otwarto muzeum archeologiczne i bibliotekę, która obecnie posiada ok. 50.000 książek i 390 czasopism. Od roku 1927 sekcja biblijna stała się częścią integralną Wydziału Teologicznego Ateneum Antonianum w Rzymie.

Relacje z prac wykopaliskowych prowadzonych przez uczonych ze Studium Biblicum Franciscanum publikowane są co roku w czasopiśmie Liber Annuus (wychodzi od 1950 r.) i w seriach wydawniczych „Collectio Maior” i „Collectio Minor”; opracowania biblijne i patrystyczne ukazują się w serii „Analecta”, a kolekcje muzealne przedstawia się w serii „Museum”. W 2001 r. Franciszkańskie Studium Biblijne stało się mocą decyzji Kongregacji Wydziałem Nauk Biblijnych i Archeologii PAA w Rzymie z prawem nadawania akademickich tytułów i stopni naukowych: magisterium, licencjatu i doktoratu Nauk Biblijnych, a w 2005 roku – II Wydziałem Papieskiego Uniwersytetu Antonianum w Rzymie. Obecnie SBF prowadzi prace w zakresie badań egzegetycznych, lingwistycznych i archeologicznych na terenie Izraela, Autonomii Palestyńskiej i Jordanii.

Istotnym celem jaki wyznaczał szkole papież Leon XIII była obrona autentyczności miejsc świętych w Palestynie poprzez badania naukowe i dydaktykę. Wśród franciszkańskich uczonych tej szkoły szybko na czoło wysunęli się archeolodzy. Za najistotniejsze swoje zadanie uznali oni badania zmierzające do potwierdzenia w sposób naukowy ciągłości tradycji kultu miejsc świętych. Niewielkie gremium franciszkańskich specjalistów i entuzjastów otworzyło w ten sposób nie tylko nowy rozdział w historii franciszkańskiej Kustodii Ziemi Świętej, lecz również rozpoczęło fascynującą przygodę, dzięki której otwarto drogę do spotkania z rzeczywistością czasów biblijnych i chrześcijaństwa u jego źródeł. Chociaż w pracach archeologicznych uprzywilejowaną rolę odgrywały miejsca ewangeliczne, to prowadzono również wykopaliska związane z szeroko pojętą historią Palestyny.

Archeologia biblijna okazała się nieocenioną pomocą dla zrozumienia tekstów biblijnych, dla egzegezy i dla poznania historii tak biblijnej, jak i późniejszej, chrześcijańskiej. Wcześniejsze teoretyczne rozważania, hipotezy i teorie były niejednokrotnie obalane przez każde następne wkopanie łopaty.

Systematyczne prace archeologiczne prowadzone przez Braci Mniejszych zapoczątkowane zostały w ostatniej dekadzie XIX wieku. Jak pisze o. Marian Arndt, „Wszystko rozpoczęło się jak zazwyczaj to bywa od przypadku. W Nazarecie w Galilei nieopodal kościoła Zwiastowania, franciszkanie, opiekunowie tego sanktuarium, w 1895 roku przypadkowo odnaleźli fragmenty mozaiki. Ojciec Prosper Viaud został przez franciszkańską Kustodię Ziemi Świętej oddelegowany do przeprowadzenia systematycznych badań terenu i odkrył wtedy pozostałości kościoła z okresu krzyżowców. Była to absyda kościoła z XII wieku oraz m.in. pięć bardzo dobrze utrzymanych kapiteli romańskich. Kompleksowe wykopaliska przeprowadzono 50 lat później przed budową obecnej bazyliki. Badania prowadzone w latach 1954-60 przez o. Bellarmina Bagattiego potwierdziły ponad wszelką wątpliwość autentyczność miejsca – Grota Zwiastowania od samego początku była otoczona czcią tamtejszych chrześcijan. Do pionierskich prac archeologicznych należą również badania w Nazarecie, na terenie kościoła św. Józefa. O. Prosper przeprowadził wówczas kompleksowe prace w tym obiekcie, kilkaset metrów dalej na północ. Stwierdził obecność kultowego obiektu chrześcijańskiego, czyli kościoła nad zabudowaniami mieszkalnymi. W warstwie mieszkalnej odnaleziono wykute w skale groty, pomieszczenia mieszkalne lub magazynowe oraz wykute w skale bardzo typowe cysterny do gromadzenia wody. Dom ten był zapewne czczony przez chrześcijan z Nazaretu skoro został zamieniony w kościół, który w epoce bizantyjskiej był nazywany kościołem Karmienia w nawiązaniu do tradycji domu Świętej Rodziny i domu rodzinnego Jezusa”.

 Taki był pierwszy etap rozwoju archeologii franciszkańskiej w Ziemi Świętej i pionierska działalność Braci Mniejszych związana z prowadzeniem wykopalisk. Już wtedy, pierwsze wyniki badań archeologicznych, konfrontowane ze świadectwami literackimi potwierdzały autentyczność wielu miejsc identyfikowanych z miejscowościami wzmiankowanymi w Ewangeliach. Zachęcało to do kontynuowania prac na tym polu. Na pierwszej kolejności zwrócono uwagę na te miejsca, którymi Kustodia już się opiekowała. Jednocześnie jednak interesowano się terenami prawdopodobnie związanymi z wydarzeniami biblijnymi i starano się wejść w ich posiadanie. Najprostszym sposobem był zakup tych miejsc, pozornie opuszczonych. Po rozeznaniu okazywało się, że często były one własnością jakiegoś szczepu, np. Beduinów. Taką drogą zakupiono np. ruiny na Górze Tabor, gdzie franciszkanie przyjeżdżali już wcześniej by sprawować liturgię.

W ostatnich latach XIX wieku i pierwszych dekadach wieku XX nabyto m.in. tereny w Kafarnaum, w Kanie Galilejskiej, na Górze Nebo. Rozszerzano własność, by przeprowadzić prace wykopaliskowe w Ogrodzie Getsemani w Jerozolimie, zakupiono ruiny i przeprowadzono prace przy kościele św. Anny w Seforis koło Nazaretu. Stamtąd wg tradycji, mogła pochodzić rodzina Matki Najświętszej. Ruiny tego kościoła w Seforis do dziś są pod opieką franciszkanów.

Spośród wielu wybitnych archeologów franciszkańskich na szczególną uwagę zasługują: Gaudenty Orfali, Sylwester Saller, Bellarmino Bagatti, Wirgiliusz Corbo, Augustyn Spijkerman, Stanisław Loffreda, Michał Piccirillo, Eugeniusz Alliata, a z Polaków o. Marian Arndt. Oto krótka prezentacja ich sylwetek:

Gaudenty Orfali (1889-1926) był Palestyńczykiem urodzonym w Nazarecie. W 1917 uzyskał tytuł doktora teologii we Fryburgu (Szwajcaria). Licencjat z nauk biblijnych uzyskał następnego roku w Rzymie. Od roku 1919 wykładał Pismo św. w seminarium franciszkańskim w klasztorze Najświętszego Zbawiciela w Jerozolimie. Od roku 1924 pełnił funkcję rektora SBF przy klasztorze Ubiczowania w Starej Jerozolimie. W 1925 r. został wybrany prezydentem Wschodniego Towarzystwa Archeologicznego (Palestine Oriental Society). Zmarł tragicznie w wypadku samochodowym w Shafat pod Jerozolimą 20 kwietnia 1926 r. Opublikował De arca Foederis (1918), Capharnaum et ses ruines (1922) oraz Gethsémani (1924). Przed śmiercią przygotowywał publikację dotyczącą Góry Tabor. Za swojego mistrza uważał franciszkanina Barnabę Meistermanna (zm. 1923). Prowadził wykopaliska i prace restauracyjne w Kafarnaum i nad brzegami Jeziora Genezaret oraz w Getsemani w Jerozolimie.

Sylwester Saller (1895-1976) w latach 1928-32 studiował biblistykę najpierw w Rzymie (Antonianum), a potem we Franciszkańskim Instytucie Biblijnym w Jerozolimie. W roku 1932 rozpoczął wykłady z archeologii, języka greckiego oraz teologii ST w SBF. Wykładał również w Seminarium w klasztorze Najświętszego Zbawiciela w Jerozolimie. Prowadził prace wykopaliskowe na Górze Nebo w Jordanii, w Dominus Flevit w Jerozolimie (grób jebusycki), Ain Karen oraz w Betanii. W czasie mandatu brytyjskiego został członkiem Palestyńskiej Rady Archeologicznej, dla której m.in. wygłosił konferencję upamiętniającą Flinder’a Petrie. Archeolodzy izraelscy zapraszali o. Saller’a z odczytami na kongresy studiów judaistycznych. Po roku 1967 był cenionym przewodnikiem po muzeum Franciszkańskiego Studium Biblijnego w Jerozolimie. Współtworzył pierwsze numery Liber Annus oraz serii wydawniczej Collectio Minor. Jego studia obejmują okres od epoki brązu po czasy cesarstwa bizantyjskiego (ceramika, inskrypcje, budowle).

Bellarmino Bagatti (1905-1990) doktoryzował się w Papieskim Instytucie Archeologii Chrześcijańskiej w Rzymie w 1934 r. Od 1935 r. był związany ze SBF w Jerozolimie. Współtworzył biblijno-archeologiczne periodyki, Collectio Maior (od 1941 r.) oraz Liber Annus (od 1951 r.). Prowadził prace archeologiczne: na cmentarzu Commodilli w Rzymie (1933-34), na Górze Błogosławieństw (1936), w sanktuarium Nawiedzenia w Ain Karem (1938), w Emmaus (1940-44), w bazylice Narodzenia w Betlejem (1948), w sanktuarium Dominus Flevit na stokach Góry Oliwnej w Jerozolimie (1953-55), w Nazarecie (1954-55), na Górze Karmel (1960-61), Nebo (1935). Był cenionym przewodnikiem po Ziemi Świętej. Jego opracowania dotyczące judeo-chrześcijan i apokryfów doczekały się licznych tłumaczeń.

Virgilio Corbo (1918-1991) był odkrywcą domu św. Piotra Apostoła w Kafarnaum. Prowadził wykopaliska na Polu Pasterzy w Betlejem, na Herodium, w bazylice Bożego Grobu w Jerozolimie, na Górze Nebo, na Macheroncie w Jordanii oraz w Magdali nad Morzem Tyberiadzkim. Przez całe życie związany z SBS w Jerozolimie. Został pochowany w Kafarnaum, w którym przewodniczył kilkunastu kampaniom wykopaliskowym.

Augustus Spijkerman (1920-1973) studiował teologię w rzymskim Antonianum i orientalistykę w Papieskim Instytucie Biblijnym w Rzymie. W roku 1954 rozpoczął wykłady z języka asyryjskiego oraz numizmatyki Bliskiego Wschodu w SBS w Jerozolimie. Pełnił funkcję dyrektora Muzeum Archeologicznego w jerozolimskim klasztorze Ubiczowania przy Via Dolorosa. Dane mu było studiować i opublikować trzy ogromne kolekcje monet zwane „skarbami”: z Kafarnaum, z Silet ed Dhahr i z Dominus Flevit (Góra Oliwna). Współpracował przy publikacji monet z Petry (Jordania). Do najważniejszych odkryć Spijkermana należą: moneta z Pelli (Jordania) z inskrypcją IUDAEA CAPTA oraz moneta bita w Cezarei z napisem ITAL. W celu jak najdokładniejszej publikacji materiału badawczego stworzył specjalną czcionkę numizmatyczną, która została przez niego użyta po raz pierwszy w książce poświęconej monetom z Herodionu.

Stanislao Loffreda (ur. 1932) jest doktorem nauk biblijnych (Studium Biblicum Franciscanum w Jerozolimie) i profesorem archeologii (Oriental Institute of Chicago), wykładowcą archeologii biblijnej i topografii Jerozolimy, jednym z najlepszych ceramologów włoskich (ceramika Palestyny I-XII w.). Uczestniczył i przewodził wielu kampaniom wykopaliskowym na Bliskim Wschodzie (Et-Tabgha, Kafarnaum, Macheront, Magdala, Herodium). Jest autorem licznych publikacji książkowych i artykułów w specjalistycznych periodykach.

Michele Piccirillo (ur. 1944) jest członkiem Kustodii Ziemi Świętej. W 1970 uzyskał licencjat z teologii na Antonianum w Rzymie, a w 1974 licencjat biblijny na Biblicum. W 1975 uzyskał tytuł doktora archeologii na Uniwersytecie w Rzymie. W 1984 r. został profesorem SBF. Wykłada historię i geografię biblijną. Od 1974 r. jest dyrektorem Muzeum archeologicznego SBF w Jerozolimie, a także dyrektorem misji archeologicznej SBF w Jordanii, przewodnikiem SBF na Synaj i w Jordanii. Główne badania archeologiczne prowadził w Macheroncie, na Górze Nebo i w miejscowości Nebo.

Eugenio Alliata (ur. 1949) jest archeologiem, licencjuszem nauk biblijnych. Należy do franciszkańskiej Prowincji św. Bonawentury w Piemoncie. Wykłada archeologię paleochrześcijańską w Studium Biblicum Franciscanum w Jerozolimie. Uczestniczył w wielu kampaniach wykopaliskowych na Bliskim Wschodzie, w Izraelu i w Jordanii (Nazaret, Ain Karem, Góra Nebo, Umm ar-Rasas, Kafarnaum). Jest autorem licznych publikacji książkowych i artykułów w specjalistycznych periodykach. Uważany jest za największego znawcę archeologii pierwotnego chrześcijaństwa Palestyny.